海南医学院药物化学学科于2005年被确立为海南省重点（扶持）学科。2010年该学科再次被评为海南省重点（扶持）学科。本学科以海南丰富的热带药用植物（南药黎药）为研究对象，开展药效物质基础研究、新药开发及质量安全与代谢化学研究。
本学科共有教师30余人，其中教授4人，副教授15人，博士学位获得者12人，具有硕士以上学位的人员达到90%以上。
本学科有实验和办公场地近2000平方米，其中专业实验室面积近800余平方米，仪器设备价值达到1000余万元人民币。从2008年至今，本学科获得国家“十二五”科技支撑计划子课题2项、国家自然科学基金4项、海南省和海口市重点科研课题及省自然科学基金二十余项，五年内可支配的科研经费达500余万元人民币；获得授权国家医药发明专利2项；取得海南省科技进步二等奖、三等奖各1项；发表论文141篇，其中SCI、EI、ISTP三大检索源收录论文21篇。
自2001年始，已经连续招收、培养药学类各层次学生近3000名，毕业1000余人，为海南省医药产业初步解决了人才短缺的瓶颈问题；此外，通过合作方式，于2001年启动了研究生教育，已与中国药科大学、沈阳药科大学和广州中医药大学的教授联合培养硕博研究生21人，已有10人取得硕士学位，为独立招收硕士研究生夯实了工作基础。
