防卫医科大学是日本培养三军军医的学校。该校建于1973年，1974年正式招生。校址在琦玉县所泽市。学校直属防卫厅。学校设事务局、医学教育部、医院、图书馆和高等护士学校。共有教职工1128人，其中校长1人、副校长3人、教官273人、事务官276人、护士等549人、军官26人。学制6年，每年招收学员80名，总定员480名。
　　防卫医科大学教学内容大致分为医学教育课程和训练课程两大类。（一）医学教育课程，依学校教育法，按地方医科大学标准设置分为基础课程和专业课程。（1）基础课程，包括一般教育、外语、保健体育和基础教育，在第1、2学年学完，结业时需获86个学分。（2）专业课程，第2学年到第6学年学习，总学时为4758个学时。其中基础医学课程2136小时，学习内容有解剖学、生理学、生化学、药理学、病理学、细菌学、卫生学、公共卫生学、寄生虫学、法医学、医用电子工程学；临床医学课程2512小时，学习内容有内科学、精神科学、小儿科学、外科学、脑外科学、整形外科学、皮肤科学、泌尿科学、眼科学、耳鼻喉科学、妇产科学、放射线科学、麻醉学。此外，还有特别讲义110小时。（二）训练课程，包括基础教育（徒步教练、体育、游泳、滑雪、教育法）和部队实习，共计507个小时，第1小学为96个小时，第2个学年为156个小时，第3学年为94个小时，第4学年至第6学年为93个小时。训练课程的目的在于培养军官所需要的基本素质和技能。
　　学员毕业后，到自卫队训练部门接受6周军官必修课训练。另外，学员经国家医师考试合格者，可获得医师证书，授中尉军衔。获取医师证书者，按照医师法在防卫医科大学医院或自卫队中央医院进行研修两年，研修结束后，分配到陆、海、空自卫队医院或其他医疗设施任军医，从事医疗卫生工作。防卫医科大学毕业的学员，必须在部队服役9年，根据军队规定，未满9年要求退役者，须偿还一定的赔偿金。
　　防卫医科大学近年新设立了研究生科。研究生科系列分为：（1）综合基础医学群，其中包括综合生理学学科系列、综合病理学学科系列、综合社会与环境医学学科系列。（2）综合临床医学群，其中包括急救医学学科系列，成人医学学科系列等5个学科系列，共计34个专业。研究生科的招生对象主要是防卫医科大学、一般大学的医学部、牙学部和兽医学部毕业后工作4年以上的人员。第1期招生12人，均为防卫医科大学毕业生。应试者必须有所在单位的长官，即官房长官，各设施机关的长官，陆上、海上、航空自卫队参谋长，参谋长联席会议事务局长，技术研究本部部长，设施厅长官的推荐。考试内容有两项：外语（英语、德语或英语、法语）和志愿选修单位的口试。学制4年，第1、2学年学习选修专业，第3、4学年接受撰写论文的有关指导。成绩优异者，学习期限可减为3年。